Depuis 2015, WWF Madagascar a priorisé 4 paysages terrestres et marins sur la base des critères suivants : paysages ayant la plus haute valeur de conservation ; niveau de menace ; la Valeur ajoutée du WWF ; la faisabilité et la probabilité de succès de la conservation. Ce sont des zones de conservation prioritaires au sein des principales écorégions, notamment la forêt épineuse de Madagascar, les forêts humides de Madagascar, les écorégions d'eau douce de Madagascar et les écorégions marines de l'Océan Indien Occidental.